Pod koniec XVI w., przy założonej w 1594 r. w toruńskim Gimnazjum Akademickim bibliotece, powstał „gabinet osobliwości″ zwany Musaeum. Można przyjąć, że był to początek gromadzenia toruńskich zbiorów muzealnych. W II połowie XIX w. zorganizowano w Toruniu dwa towarzystwa naukowe, a przy nich również muzea, gromadzące już w sposób systematyczny eksponaty, które stały się podstawą obecnych zbiorów. Pierwsze, niemieckie Coppernicus Verein für Wissenschaft und Kunst, umieściło zbiory w Ratuszu Staromiejskim i zorganizowało Städtisches Museum, otwarte w 1861 r. Drugie, polskie Towarzystwo Naukowe w Toruniu, udostępniło swoje Muzeum w 1876 roku. W 1920 r. po włączeniu Torunia do odrodzonej Rzeczypospolitej, powstało Muzeum Miejskie, gromadzące zbiory o charakterze regionalnym. Zbiory opracowywane są przez pracowników Działów: Archeologii, Historii i Dziejów Miasta Torunia, Dom Mikołaja Kopernika, Sztuki Polskiej i Europejskiej, Działu Kultur Pozaeuropejskich oraz Dział Historii Toruńskiego Piernikarstwa. Oprócz wyżej wymienionych komórek funkcjonują również: Dział Inwentaryzacji i Dokumentacji Muzealnej, Dział Edukacji, Dział Konserwacji, Dział Promocji oraz Biblioteka Naukowa. Oddziały muzeum to Ratusz Staromiejski, Dom Mikołaja Kopernika, Dom Eskenów, Kamienica pod Gwiazdą, Muzeum Podróżników im. Tony`ego Halika, Muzeum Toruńskiego Piernika oraz Biblioteka Naukowa.